為鼓勵金融業者改善自我管理能力，本局自98年起針對本國銀行實施差異化檢查機制，藉由金融檢查評等及表報申報資訊系統之綜合運用，並考量法規遵循重大事項等例外管理事項，規劃建立綜合評等，將銀行區分為不同風險等級，並配合對其內部稽核工作之考評結果，透過調整檢查週期及採行檢查深度差異化措施，實施分級管理。(目前金控公司、本國銀行、外國銀行在台分行、信用合作社、證券商、證券投資信託公司、票券公司、保險(含再保險)及農漁會信用部等業別已實施差異化檢查機制。)