財政部於民國90年6月通過「金融控股公司法」後，有鑑於國內原金融集團跨行合併或與異業結盟者日漸增多，為 避免保險、證券、金融等多元監理制度所可能產生疊床架屋的管理問題，爰函送「行政院金融監督管理委員會組織法」草案至立法院審議，期使金融監理制度由原來的多元化改變成垂直整合的一元化監理，以健全金融機構業務經營，維持金融穩定與促進金融市場發展，此草案經92年7月10日立法院第五屆第三會期臨時會三讀通過，並經總統於92年7月23日公布，將於93年7月1日起新設「行政院金融監督管理委員會」（簡稱金管會），以實踐金融監理一元化目標。

99年2月3日修正公布之行政院組織法明列「金融監督管理委員會」為行政院所屬委員會，爰據以修正本會現行組織法，並更名為「金融監督管理委員會組織法」，修正重點如下：
一、依體例明定本會依職掌所設次級機關之名稱及業務。
二、配合本會組織定位改變，並依據中央行政機關組織基準法規定，明定主任委員、副主任委員的任命方式；另為提升本會金融監理效能與強化本會政策協調統合功能，並配合本會組織定位改變及參考國際作法爰將本會委員之任命採彈性化設計，即規定本會委員由行政院院長就相關機關首長、具有金融專業相關學識、經驗之人士派（聘）兼之及現任委員擔任之。
三、配合本會組織定位改變，委員會議功能屬諮詢性質，依體例於處務規程規範委員會議職權及會議召開方式；機關內部單位之分工職掌，亦以處務規程定之。
四、本會各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
五、配合行政院組織改造期程，修正施行日期由行政院以命令定之。
「金融監督管理委員會組織法」於100年6月14日經立法院第七屆第七會期三讀通過，經總統於100年6月29日公布，並經行政院命令自101年7月1日施行。